Selama ini kegiatan penelitian di STFI lebih ditekankan pada Tugas Akhir mahasiswa, dan secara otomatis di dalamnya melibatkan dosen sebagai pembimbing. Pada umumnya hasil Tugas Akhir masih dalam bentuk buku-buku skripsi yang disimpan di perpustakaan.
Produktivitas hasil penelitian para dosen tetap dirasakan masih sangat rendah, demikian juga dengan efisiensi pemanfaatan dana penelitian. Kajian kualitas dapat dikatakan relatif baik karena pada dasarnya penelitian yang dilakukan telah sesuai dengan kompetensinya dan mengacu pada Agenda Riset Nasional (ARN). Kelemahan masih berkutat pada kurangnya motivasi dalam mempublikasikan hasil penelitian. Concern (kepedulian) yayasan dapat dikatakan sangat baik dengan mengalokasikan insentif sebagai pemicu para dosen untuk melakukan penelitian. Demikian pula dengan dana-dana insentif Dikti maupun lembaga riset lainnya.
Program pengabdian kepada masyarakat oleh dosen dan mahasiswa, juga masih terbatas pada kegiatan konvensional, seperti penyuluhan, pelayanan kesehatan dan penanganan korban bencana. Untuk perencanaan ke depan, kegiatan CSR (corporate social responsibility) menjadi program yang layak dipertimbangkan.
Kerjasama penelitian dalam rangka implementasi kemitraan, juga masih terbatas pada pelaksanaan tugas akhir mahasiswa. Beberapa lembaga pada umumnya menyediakan sarana kerja, instrument, bahan dan pembimbing pendamping.
